Lorsque Claude Cherki devient PDG, en 1989, il a pour mission d’élargir le périmètre du Seuil sans négliger la littérature et les sciences humaines. La création des secteurs « jeunesse » et « policiers », l'alliance avec les éditions de l’Olivier et Verticales, l'accès au marché de la grande distribution et l’accroissement de l'appareil de distribution (politique menée en accord avec Pascal Flamand, directeur général adjoint depuis 1987) permettent au Seuil de publier en 2002 plus de 500 titres, contre 300 une décennie plus tôt.
De 1957 à 1965, Michel Chodkiewicz est éditeur au Seuil. Il préside ensuite la Société des Éditions scientifiques, filiale du Seuil, puis en 1979, succède à Bardet et Flamand. Durant sa présidence, la maison renforce son secteur commercial, son domaine littéraire et lance les « Points Roman ». Aux côtés de Jérôme Lindon des Éditions de Minuit, Chodkiewicz s’engage pour le prix unique du livre. Puis, en 1988, le Seuil est, avec Minuit, Gallimard et La Découverte, membre fondateur de l’Association pour le développement de la librairie de création. En 1989, ce spécialiste reconnu de la mystique musulmane quitte le Seuil pour la recherche et l’enseignement.
En 1974, une note de Paul Flamand avance que la gestion du Seuil doit être plus rigoureuse. L’éditeur écrit : « C’est parce que la maison est devenue grande ; et plus une maison est grande plus elle est fragile car plus ses oscillations sont vastes et sa base secouée. » Quatre ans plus tard, Jean Bardet et Paul Flamand prennent leur retraite : l’entreprise compte près de 250 employés, pour une soixantaine vingt ans plus tôt.
En 2004, le temps de l’actionnariat du Seuil, partagé entre les familles Flamand et Bardet et, pour un tiers, par les cadres de la maison, est clos. Le Seuil est racheté par le Groupe La Martinière. La transition sera difficile. Claude Cherki quitte le Seuil, de même que plusieurs cadres et éditeurs. La reconfiguration de la diffusion-distribution connaît des ratés. À l’automne 2006, Denis Jeambar, qui était directeur de la rédaction de L’Express, est nommé par Hervé de La Martinière à la tête du Seuil.